Modellen jämställer inte fullt ut alla skolor när det gäller sociokulturella bakgrundsfaktorer. Skolor med de högsta faktiska meritvärdena har också ofta positiva residualer. Skolor med de lägsta faktiska meritvärdena har också ofta negativa residualer. Detta förhållande tyder på att det finns andra faktorer som inte ingår i modellen som samvarierar med skolornas resultat.
En anledning kan vara att bakgrundsvariablerna inte fullt ut mäter det vi vill att de ska mäta. T ex kan det förhållandet att vi uppskattar hemmiljöns betydelse för elevernas betygsresultat enbart genom att ange föräldrars utbildningsnivå ge en obalans i bedömningen. Skolor där elever kommer från hem med låg utbildningsnivå och en tung social belastning har andra förutsättningar att arbeta med än skolor där elevernas föräldrar har en låg utbildningsnivå men i övrigt ordnade levnadsförhållanden. På motsvarande sätt kan förutsättningarna för skolor där eleverna kommer från hem med hög utbildningsnivå variera t ex beroende på vilken tid som föräldrarna lägger ner på direkt stöd till eleverna i deras skolarbete eller på vilket sätt föräldrarna direkt eller indirekt stödjer eleven i skolarbetet.
Modellen tar inte heller hänsyn till att elever med utländsk bakgrund är en mycket heterogen grupp. Modellen tar enbart hänsyn till om eleven själv har invandrat och om eleven är född i Sverige med föräldrar som är födda utomlands. T ex varifrån eller när man kom till Sverige fångas inte i den statistiska modellen. Förutsättningar i gruppen elever med utländsk bakgrund kan således variera mellan olika skolor.